Gereja Kristen Indonesia (GKI) San Francisco diprakarsai oleh mereka yang mempunyai latar belakang GKI di Indonesia. Kerinduan mereka adalah mendirikan gereja yang bercorak atau paling tidak mempunyai hubungan dekat dengan latar belakang mereka. Para pemrakarsa adalah:

  • Pdt. Siem Tjien Hing,
  • Bapak M. John Nizar,
  • Bapak Jim I.H. Tian,
  • Bapak Joshua Budiman, dan
  • Bapak Susanto Purwo.

Melalui Pdt. Siem Tjien Hing, GKI San Francisco mendapat tempat berbakti di St. Matthew Lutheran Church, 1328-16th Street (at Dolores). Kebaktian Minggu pertama kali diadakan tanggal 1 Desember 1991 mulai pukul 4 sore. Sejak saat itu pula Pdt. Simon Jonatan diminta untuk melayani sebagai Pastor.

Atas kerinduan sejumlah jemaat di San Jose, Pdt. Siem Tjien Hing dan Pdt. Simon Jonatan melayani persekutuan pemahaman Alkitab di sana. Pada tanggal 1 Nopember 1992 pukul 10 pagi, dimulai Kebaktian Minggu GKI San Jose di Imanuel Lutheran Church, 1710 Moorpark Avenue (at Leigh).

Sejak Januari 1996, Pdt. Simon Jonatan melepaskan pelayanannya di GKI San Jose dan hanya melayani di GKI San Francisco.

Pada tanggal 14 Mei 1996 GKI San Francisco diterima sebagai bagian Mission of San Francisco Presbytery dari Presbyterian Church (U.S.A.). Karenanya, tempat kebaktian dipindahkan dari St. Matthew Lutheran Church ke St. Paul Presbyterian Church, 1399-43rd Avenue (at Judah). Kebaktian Minggu diadakan di sana mulai tanggal 2 Juni sampai 27 Oktober 1996.

Mulai tanggal 3 Nopember 1996, GKI San Francisco menyelenggarakan kebaktian dan kegiatan-kegiatannya di Lakeside Presbyterian Church, 201 Eucalyptus Drive (at 19th Avenue).

Atas rahmat Tuhan, dalam acara khusus saat Kebaktian Minggu pada tanggal 5 Maret 2000, GKI San Francisco secara resmi diterima menjadi gereja anggota di dalam Presbyterian Church (U.S.A.) dan berada di wilayah Presbytery of San Francisco, Synod Pacific.

Sejak 1 Juni 2004 Pdt. Simon Jonathan mengundurkan diri dari jabatan Pastor GKI San Francisco. Presbytery San Francisco menetapkan Pdt. Deetje Tiwa, D.Min. sebagai Pastor Interim GKI San Francisco terhitung mulai tanggal 1 September 2004.Pdt. Deetje Tiwa mengakhiri pelayanannya pada tanggal 31 Maret 2007.

Pada tanggal 1 April 2007, Rapat Jemaat menetapkan Pdt. Augustines Kermite sebagai Pastor.